對于年度中間離職、再入職且實際工作不足12個月的個人所得稅計算涉及單位應如何預扣預繳個人所得稅和年度終了如何匯算清繳兩個層面。

一、年度中間預扣預繳

《國家稅務總局關于發布<個人所得稅扣繳申報管理辦法（試行）>的公告》（國家稅務總局公告2018年第61號）（以下簡稱“61號公告”）第六條規定：“累計預扣預繳應納稅所得額=累計收入-累計免稅收入-累計減除費用-累計專項扣除-累計專項附加扣除-累計依法確定的其他扣除”。

（一）累計收入

根據61號公告第六條的規定，扣繳義務人在一個納稅年度內預扣預繳稅款時，以納稅人在本單位截至當前月份工資、薪金所得累計收入減除累計免稅收入、累計減除費用、累計專項扣除、累計專項附加扣除和累計依法確定的其他扣除后的余額為累計預扣預繳應納稅所得額。

假設中國籍男子申某2019年1月1日至3月30日在甲公司工作，離職休息一個月后，5月2日在乙公司重新入職，甲、乙公司均應以孫某在本單位實際工作期間取得的收入（均不包括4月份）計算累計收入。

（二）基本減除費用

根據61號公告第六條的規定，累計減除費用按照5000元/月乘以納稅人當年截至本月在本單位的任職受雇月份數計算。體現了基本減除費用與累計收入的匹配，甲、乙公司應分別按照申某在本公司的實際工作時間計算累計減除費用。

（三）專項扣除

專項扣除是居民個人按照國家規定的范圍和標準繳納的“三險一金”，因甲、乙公司未在4月份向申某支付報酬，應不會對申某4月份的所得預扣預繳個人所得稅，也不存在減除專項扣除問題。

（四）專項附加扣除

根據《國家稅務總局關于發布<個人所得稅專項附加扣除操作辦法（試行）>的公告》（國家稅務總局公告2018年第60號）第五條規定：“納稅人年度中間更換工作單位的，在原單位任職、受雇期間已享受的專項附加扣除金額，不得在新任職、受雇單位扣除。原扣繳義務人應當自納稅人離職不再發放工資薪金所得的當月起，停止為其辦理專項附加扣除”。

第八條規定：“更換工作單位的納稅人，需要由新任職、受雇扣繳義務人辦理專項附加扣除的，應當在入職的當月，填寫并向扣繳義務人報送《扣除信息表》”。

所以對于申某的情況，甲、乙公司也只能按照其在本單位中任職受雇的時間減除專項附加扣除。

二、年度終了匯算清繳

根據《中華人民共和國個人所得稅法》（以下簡稱“個人所得稅法”）第六條的規定：“居民個人的綜合所得，以每一納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除后的余額，為應納稅所得額”。

（一）年度收入

納稅人的年度收入為實際取得的收入。

（二）基本減除費用

依據個人所得稅法規定，“基本減除費用”固定為6萬元，屬于普適規定，不隨任職時間變化。

（三）專項扣除

為實際繳納的“三險一金”。

（四）專項附加扣除

專項附加扣除的發生不會因為短暫的失業而停止，案例中雖然甲、乙公司在預扣預繳個人所得稅時未減除4月份的專項扣除和專項附加扣除，但孫某仍然可以在匯算清繳時減除實際繳納的專項扣除和符合條件的專項附加扣除。

三、個人在更換單位后的操作

個人在更換單位后需在個人所得稅App修改任職受雇信息，修改步驟：打開登錄個稅App，點擊個人中心-任職受雇信息-點擊申訴-填寫申訴原因提交即可；需要注意的是單位報送的是不可以修改的,只有納稅人自己添加的才可以進行修改。